Для работы с ООО или ИП самозанятому, помимо чека, потребуется заключить договор ГПХ, создать счет и акт выполненных работ.
Если вы не знаете, как правильно составить договор, то прочитайте наш развернутый материал по ссылке.
Шаблоны счетов и актов выполненных работ есть в свободном доступе в интернете.